针对97平米两室改三室的情况，最佳方案是将客厅和餐厅之间的隔墙拆除，增加一个房间，同时考虑减小次卧的面积，再增加一个小的儿童房。

另外，可以采用更加灵活多样的隔断方式，比如推拉门等，最大程度地发挥区域间的空间利用率。

此外，还可以充分利用阳台等外部空间，增加动线和收纳功能，并考虑在设计中保留充足的通风和采光条件。综上，灵活性、节约空间和通风采光是改造过程中需要重点考虑和处理的问题。