如果厦门灵活就业人员的社保断交，可能会影响他们的子女入学。根据教育部门的规定，学校要求学生家长提供社保证明，以证明其子女的合法身份和学籍。

如果学生家长没有社保证明，学校可能会要求其提供其他证明材料，如纳税证明等。但如果缺乏这些证明材料，可能会影响子女的入学申请。因此，厦门灵活就业人员应该尽快解决社保问题，以确保其子女的入学权利。