限的土地资源，恶化了农民的生活环境，影响了农村经济的发展，在农村存在巨大的危害：

一是土地浪费严重。“空心村”占用的土地，耕不能耕，用不能用，造成了土地资源的极大浪费。一方面是农民建新不拆旧，造成土地大量闲置；另一方面，许多村庄出现无处建房现象，土地管理部门被迫在有限的耕地指标中切出一部分来解决缺房户的建房问题。

二是不利于安全。“空心村”存在的房子，大都破旧不堪，年久失修，存在很大的安全隐患。

三是影响环境卫生。“空心村”的废弃房屋由于无人居住，所以也无人修缮，有些已经倒塌。不少村民将老房用于圈养禽畜。由于没有人清理，致使村内垃圾成堆、污水横流、杂草丛生、老鼠遍地、蝇蚊乱飞、粪便成堆。环境卫生的“脏、乱、差”，严重影响这些居民的居住环境和身心健康。

四是潜伏矛盾纠纷。由于“空心村”内的废弃宅基地多年未曾有人使用，到了第三、四代之后，邻居之间的土地界限必然会有些模糊。随着农村土地的日益紧张，宅基地今后必将升值，到时候这些废弃宅基地可能会引发家族内或家族间以及宗族间的矛盾纠纷。

五是阻碍了农村经济的发展。“空心村”的存在，使农民居住地分散散乱，农村的村落分布面积过大，村庄外延拉得过长，增加了农村进行水、电、路、通信、公用设施等基础设施统一建设的难度，延缓了农村经济的进一步发展。