商业保险可以赔偿先天性巨结肠，但应根据保险条款和个人保险计划的覆盖范围确定赔偿金额和限制条件。对于先天性巨结肠等严重疾病，商业保险可能会配置更高的保额或额外的保险附加保障，以满足投保人选择享有更好的医疗保障的需求。
但投保人应该认真阅读保险条款和条件，了解其具体权益和限制，以便在需要时获得最大保障。
巨结肠属于先天性疾病，社保的生育保险不能报销。
社保生育险待遇主要包括两项内容： （一）生育津贴：用于保障女职工产假期间的基本生活需要，应在女职工分娩后3个月内向相关主管部门办理生育津贴申领手续。计算公式为：女职工本人生育当月的缴费基数÷30（天）×假期天数。其中，生育津贴低于本人工资标准的,差额部分由企业补足。
（二）生育医疗待遇：用于保障女职工怀孕、分娩期间以及职工实施节育手术时的基本医疗保健需要。 女性生育保险的目的在于通过向生育女职工提供生育津贴、产假以及医疗服务等方面的待遇，保障她们因生育而暂时丧失劳动能力时的基本经济收入和医疗保健，帮助生育女职工恢复劳动能力，重返工作岗位。
目前市面上有商业母婴险，是保险公司为孕妇和新生儿提供保障的两种形式，即附加母婴险和专门的母婴险。附加型母婴险通常在投保女性健康险和寿险后附加投保，保险期限和缴费期限相对较长，投保年龄限制较小。而专门的母婴险可以单独投保，准妈妈作为第一保险人，新生儿作为第二保险人，对新生儿先天性疾病有覆盖。