秸秆还田的方式主要是直接还田、过腹还田、堆沤还田。

1、直接还田

直接还田是将秸秆粉碎或留高茬还田及田面覆盖等方式。其中，秸秆粉碎还田即是机械粉碎直接还田，适用于玉米和稻麦秸秆；留高茬还田就是稻麦收割时留高茬30厘米左右，用返转灭茬机械一次完成旋耕、灭茬还田；田面覆盖是将玉米秸秆铡成10厘米左右或是稻草等在作物播种后，均匀铺在作物行间，不留空地、不成堆，粉碎后的秸秆能否均匀覆盖是秸秆覆盖成败的关键。

2、过腹还田

秸秆作为饲料，喂养家畜，经其消化吸收后，粪便作为肥料还田。此法可节约饲料量和牧草，提高土壤肥力，能带动养殖业的快速发展。

3、堆沤还田

利用秸秆制作堆沤肥、沼气肥或用微生物腐熟发酵剂生产秸秆腐熟肥。堆肥是将秸秆与畜禽粪积制，粪与草隔层堆积压实，发酵腐熟，其效果好，生产的肥料有机质含量高，但集中堆沤劳动量较大；沤肥是作物秸秆与河塘泥及人粪尿置于积水坑中，经微生物厌氧发酵后形成的肥料；微生物腐熟发酵剂生产秸秆腐熟肥是在田间挖坑或集中堆制秸秆，拌入腐熟剂，秸秆腐熟快，达到完全腐熟。施用方法是整地前将腐熟秸秆撒施田间，翻入土壤内。