种植过程中甘蔗芽有损坏不能发芽，发现缺苗断垄超过30厘米时，应补苗1株。补苗应在傍晚或阴天的 下午进行。用作补缺的幼苗要先剪短部分叶片，以减少水分蒸发。补苗后要淋定根水，可以选择沃叶根乐夫生根剂。
甘蔗在苗期主要会受到白蚁、金龟子、蔗根锯天牛等地下害虫及钻心虫，棉蚜虫，蓟马，蝗虫、粘虫等叶面害虫的为害，因此对上述害虫要注意检查并及时防治。
防治地下害虫可在播种时将药剂与细土拌匀撒在植蔗沟内预防；防治叶面害虫可用敌百虫，乐果喷雾，药剂的详细用法请参见药品说明书。甘蔗在苗期的病害主要有梢腐病，黑穗病，褐条病，褐斑病等。防治方法为：首先是选用抗病品种，种苗消毒；其次是早管理施足肥防积水；最后才是药剂叶面喷施。在发病初期注意进行人工拔除病蔗并移离蔗田，以减少病害蔓延。只要你管理得当，不会出现大的病虫害