疼痛理疗馆作为医疗机构，需要申请办理相关的证件和手续才能进行合法经营和服务。以下是疼痛理疗馆需要申请的证件：

1. 卫生许可证：该证书是医疗机构合法经营的重要证明文件，必须通过卫生部门的审核和审批才能取得。主要包括疼痛理疗馆管理制度、医疗器械设备、卫生环境等多个方面的审核。

2. 执业医师证：疼痛理疗馆必须有专业的医师执业证，证明医师有充分的医疗知识和技能。

3. 医疗器械经营许可证：疼痛理疗馆需要使用一定的医疗器械设备，因此需要办理医疗器械经营许可证。

4. 《医疗机构执业许可证》：是医疗机构经营执照的重要证明文件，必须获得卫生部门的批准和审核才能开展业务。

总之，疼痛理疗馆需要多种证件和手续，确保服务合法、安全和有保障。