马厂长的结局是，在《大江大河》的原著小说中，他被免去了厂长的职位。马厂长与宋运辉的竞争非常激烈，他们都为东海项目而努力。然而，马厂长在背地里使绊子，企图夺走宋运辉在东海的权利，但最终被宋运辉发现并反击，被踢出局。最终宋运辉成功上位，取代了马厂长的位置，成为了正厂长。所以，马厂长在小说中的结局是被免职。