影响。

第一种情况，选考的三个科目，有不合格的，不合格科目的高考就不能参加，相应这些科目的高考成绩就是零分，比如，某考生选科物生地，但是生物不合格，那么就不能参加生物科目的高考，最后生物的高考成绩几乎零分，这样对总分的影响是很大的，几乎与本科无缘了。

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第二种情况，选考的三门科目都合格，但是没选考的三门有不合格的，例如某考生选考历政地，历政地都合格，但是生物不合格，在这种情况下，是不影响高考的。