柳州穿山岩是由长期下雨天气、水流和古生物体的堆积、压迫、氧化、溶解等过程形成的。在柳州地区，岩石中含有大量的钙质石灰，而岩石表面又受到长期的雨水侵蚀，水中的二氧化碳反应生成碳酸，与岩石表面的石灰反应形成碳酸盐，盐组成的石灰岩表面会发生腐蚀和侵蚀，当石灰溶解殆尽后，穿山岩便形成了。

另外，像虫洞痕迹、壳类生物残骸，还有水流的切割作用，也会影响穿山岩的形成过程。