签了遗体捐献协议后，遗体的归属问题依据协议内容和相关法律法规进行处理。遗体捐献协议是表示捐献者在死亡后自愿将遗体全部或部分捐献给医学科学事业的行为。在协议有效期内，捐献者的遗体归接受单位（如医学院校、医疗机构等）所有。

在遗体捐献过程中，捐献者及其亲属应遵循自愿、无偿原则。捐献者生前未表示是否捐献意愿的，死亡后由其直系亲属决定是否进行遗体捐献。签订遗体捐献协议后，如有变更或撤销意愿，需办理相应的变更或撤销登记公证。

值得注意的是，国家规定的甲、乙类传染病人的遗体不列入志愿捐献遗体范畴。在办理遗体捐献时，捐献者或其亲属需与登记接受站办理相关手续，并进行公证。

总之，在签订遗体捐献协议后，遗体的归属问题依据协议内容和法律法规处理，捐献者及其亲属应遵循相关规定，确保捐献过程合法、合规。