由县级自然资源部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在该土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，没收在该土地上的建筑物和其他设施，并予以罚款；对非法占用土地单位的主管人员和直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
1、对于占用永久基本农田的这些行为，新规中提到将按照占用多少面积，就面积罚款2倍以上5倍以下的耕地开荒费。
2、对于占用耕地，并已经破坏耕地的种植条件的行为，情况严重且构成犯罪的，还会被追究刑事责任。
3、对于在临时土地上建房的，按用地面积处土地复垦费5倍以上10倍以下罚款。
应该收回土地承包证，对签发土地承包证的单位和个人进行处罚。因为占用河道开垦土地是违法的，会对防汛产生严重影响。因此处理这些违法的单位和个人将对旁人有很大的警示作用。