当生根粉使用过量时，会导致根系生长受阻，株型矮小，叶片稀疏，枝干细软。会导致大量激素堆积，发生腐烂、枯萎，甚至死亡的现象。
会导致扦插的成活率大大下降，抑制生根的速度，造成植株生长严重营养不良的现象发生
生根粉浸泡和灌根两种方法都能促进植物生根，但效果并不完全相同。生根粉浸泡可以使植物根部吸收到浸泡液中的激素，增加生根的机会和速度，但容易造成植物根系浸泡液过多，导致溶解性盐类过高，对植株健康有影响。
灌根则可以使生根粉均匀分布在土壤中，避免出现过多的根浸液，但对于植株的稳定性要求较高，需要注意灌根的量和喷头的方式。综合来看，生根粉浸泡和灌根两种方法都可以使用，具体应该根据植物种类、生长状态和栽培环境等因素综合考虑。
生根粉在正常使用的前提下对作物的根是有很大的益处的，几乎没有坏处。但是，在严重的过量的使用当中会抑制根系的生长。生根粉的组成成分：那乙酸钠、咧哚乙酸。他们属于植物的内源激素，在他们的作用下，促进了植物的根系生长发育。在正常的浓度情况下，对植物的养根、生根起到了至关重要的作用。