内部承包协议适用专属管辖。
根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条的规定，农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷等不动产纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。
所以，内部承包协议纠纷属于专属管辖的范畴。
有下列情形之一的，内部承包合同无效：
(一)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益。
(二)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益。
(三)以合法形式掩盖非法目的。
(四)损害社会公共利益。
《民法典》第一百四十八条【以欺诈手段实施的民事法律行为的效力】一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
《民法典》第一百四十八条【以欺诈手段实施的民事法律行为的效力】一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
《民法典》第一百四十三条【民事法律行为有效的条件】具备下列条件的民事法律行为有效：
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
《民法典》第一百四十三条【民事法律行为有效的条件】具备下列条件的民事法律行为有效：
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
根据承包合同内容判定：
如果承包合同中包含有工资福利等应在劳动合同中规定的劳动权利义务方面的内容，则该合同带有劳动合同的某些属性。职工与企业因执行承包合同中有关劳动权利义务方面的规定发生的争议，属于劳动争议。