异地工程预扣预缴可以在企业所得税年度纳税申报时进行抵扣。企业需根据当年收入及相关成本等情况计算出当年应纳税所得额，并将已缴纳的异地工程预扣预缴税款作为可抵扣金额抵减当年企业所得税应缴纳的金额。
若异地工程预扣预缴税款高于当年企业所得税应缴纳的金额，则可将多余部分申请退回。
根据《财政部 税务总局关于企业所得税若干问题的通知》规定，异地工程款预缴税款可以在规定时间内补交。补交期限为纳税年度结束后3个月内，逾期补交将加收滞纳金。补交税款时，企业应当向税务机关递交相应的纳税申报表和税款缴纳书，并附相关证明材料。补交税款的金额不得计入当期应纳税所得额，但可以从下期应纳税所得额中扣除。