萨摩耶一般在一岁以后第二次发情期第10-12天左右配种。
狗狗第一次发情大概在6-8个月左右，这个时候身体发育不完全，只达到性成熟而未达到体成熟，不适合配种。一般在第二次发情后期，身体发育完全时可以配种。在狗狗成年后发情期，可以通过阴道分泌物抹片判断是否适合配种。
萨摩耶一般在6-9个月开始发情，发情的萨摩耶会出现外阴滴血，接受公犬爬跨的行为。发情的母犬如果长期不配种，发情时间会缩短，并且还会因为发情容易患子宫蓄脓。如果要配种，可以等狗狗第二次发情时再配种，如果不配种，在狗狗发情前或者发情结束后给狗狗绝育，减少患生殖系统方面的疾病。