霉豆腐的发酵时间因温度和湿度的不同而有所变化。一般情况下，豆腐需要发酵三天左右，此时豆腐表面会长出白色菌丝。然而，如果你喜欢更浓郁的香味，可以选择让豆腐发酵更长的时间，例如两周，此时的霉豆腐香味会更加浓郁。值得注意的是，发酵过程中，豆腐应放在透气、保湿的环境中，如稻草上，以帮助其更好地发酵。当豆腐发酵完成后，可以进行下一步的腌制过程。
霉豆腐发酵20天后，豆腐表面布满灰色的霉菌菌丝，颜色发灰或青灰，有些品种的霉腐乳还会产生红色的菌丝，豆腐内部组织变得柔软细腻，口感滑嫩，散发出独特的浓郁香味，有些品种的霉腐乳还会产生红曲的香味、豆瓣香味、酒香味等复合香味。霉豆腐发酵的成熟度可以通过观察霉菌生长情况、豆腐组织状态和气味来判断。
霉豆腐发酵后出现发黄现象是正常的，这是因为霉豆腐里面的蛋白质正在转化为其它成分，溶解后就会变粘稠呈现这种状态。
但是，如果霉豆腐出现了臭味，则可能是由于变质引起的，不建议再食用。因此，如果霉豆腐发酵后出现发黄又臭，建议检查是否变质，如果变质应立即停止食用。