豆腐乳上的“红衣”是一种叫做红曲霉的微生物所产生出来的色素。人们通常把这种含有色素同微生物的材料，称为“红曲”，它是我国南方的特产，是一种颜色鲜红、不易褪色而没有毒性的食用色素。

人们制乳腐时，先把切成小方块的豆腐放在竹筐中，盖上稻草，放到温暖密闭的房中，过几天，豆腐表面长满了雪白竖立的绒毛。这种绒毛是一种叫做乳腐毛霉的微生物，它是从稻草上“传染”到豆腐上的，这种霉具有强大的蛋白酶，能使豆腐蛋白质分解为氨基酸和容易消化的蛋白胨，使乳腐变软变鲜。

当豆腐上长满了毛霉以后，把它移到坛里，加些盐、花椒、老酒和酱等等，为了使乳腐染成美丽的红色，再加些红曲，坛口用泥土密封好，几个月后，坛中的东西，在各种微生物的作用下，生成了酒精，乳酸，以及芳香的酯类，这就构成了腐乳特有的香味。霉豆腐上的绒毛也倒伏下来，粘结成一层外皮，又被红曲的色素染红，于是就成为红乳腐的红外衣了。

如果要加工成为玫瑰腐乳，只要在腐乳汁中再加些玫瑰花瓣和白糖就行了。 红曲是怎样制成的呢？传统的生产方法是用大米蒸熟，摊在门窗密闭的房内，等它的温度冷到37℃左右时，播种上红曲的“种子”，几天后，红曲就繁殖起来。为了使红曲生长得更好，在红曲繁殖时，可经常用水喷潮，大约八九天后，粒上布满了红曲菌，这种红曲又分泌出大量桃红色的色素，把米染成深红色，晒干后，就成为食物染料的色素原料了。

近年来，人们通过菌种选择，找到了色素产量更高的菌种。利用液体深层发酵方法，用发酵罐生产红曲色，既可以节约大量粮食，色素产量又高，生产也可以机械化。红曲除了用来染红乳腐外，酱肉、烤鸭、叉烧肉、红肠、五茄皮酒、红玫瑰酒等都是用红曲来着色的。