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真核微生物是多种多样的生物体,它们非常小,以至于肉眼看不见。它们可以分为四组:动物、植物、真菌和 "原生动物"。与较简单的原核微生物,即细菌和古细菌不同,真核微生物将其DNA置于细胞核内。
微型动物包括尘螨和许多线虫(蛔虫)以及轮虫,这些微小的滤食动物通常在淡水中发现。一些微小的、能进行光合作用的绿色藻类被归类为植物。真菌有几个单细胞的物种,包括面包酵母。原生动物是一个多样化的生物群体,除了简单之外没有什么共同点——它们是单细胞或多细胞的,没有专门的组织。