饿了么超时一单扣5元钱。
因为饿了么要求骑手在规定的时间内送达订单，如果超时则需要扣除违约金，一般为5元钱。
需要注意的是，如果骑手在取餐前取消订单，则不会扣除违约金。
同时，如果因为顾客原因导致订单延误，也不会扣除违约金。
如果饿了么超时退款后商品已经被配送员送到了，你需要先确认商品是否完好无损，如果完好无损，那么可以正常食用。但如果商品有损坏或变质等问题，建议及时联系商家或饿了么客服进行投诉和退款，以确保自身权益。同时，为了尽量避免类似问题的出现，建议在购买食品时选择有口碑和信誉保障的商家，并多注意商品保质期和配送时间等要素。