在于其作用和对象不同。
结清证明是银行针对贷款客户提供的一种证明，用于确认已经全部还清贷款并不再有未结清的债务，通常用于贷款人后续办理其他信用相关业务时作为银行对其信用状况的证明。
而他项权证是不动产登记证明的一种，用于证明持有人对某一不动产享有的法定权利和拥有的法定证书，可以作为不动产买卖和抵押贷款等业务的必要证明。
结清证明和他项权证是不一起拿的。结清证明是指银行或其他金融机构出具的证明，证明该贷款已经全部还清，并且该贷款编号已经注销。而他项权证是指银行或其他金融机构出具的证明，证明该物业权属已经转让给该人，该人享有该物业的所有权利。两个证明各自独立，不需要一起提交。