在深圳，跑外卖时电动车上牌无疑是更好的选择。

首先，上牌意味着您的电动车符合相关法规和标准，得到了官方的认可和许可。这有助于确保您的电动车在安全性、性能等方面达到一定的标准，为您和他人的安全提供了保障。

其次，上牌后，您的电动车在行驶过程中会更加合法合规，避免了因未上牌而可能面临的罚款、扣留车辆等风险。这不仅有助于维护您的合法权益，也有助于维护整个社会的交通秩序。

此外，随着深圳对电动车管理的日益严格，未来未上牌的电动车可能会面临更多的限制和约束。因此，及时上牌也有助于您更好地适应未来的交通管理政策。

综上所述，从安全性、合法性和未来适应性等方面考虑，深圳跑外卖时电动车上牌是更好的选择。当然，上牌时需要注意相关手续和费用，但这些都是为了您的安全和合法行驶所必需的。