美国在中国最早建立的两所大学分别是：

1. 北京大学（原名京师大学堂）：该大学于1898年由美国教育家顾炎武等人创建，是中国最早的现代大学之一。当时，顾炎武等人致力于将西方教育体系引进中国，并以此来推动中国的现代化进程。北京大学的运营和管理一直由美国派驻的教师和校长负责，直到1949年中华人民共和国成立后，该学校才开始由中国政府管理。

2. 南洋公学（现在的新加坡国立大学）：该大学于1901年在新加坡创立，是美国在亚洲地区最早的大学之一。当时，该学校由美国基督教会创建，旨在为许多华侨子弟提供优质的教育。随着时间的推移，南洋公学逐渐发展成为如今的新加坡国立大学，成为东南亚地区的一所重要高等学府。