根据同显性理论，异种植物之间克隆同源基因的成功率很低，主要是由于以下几个原因：

1. 物种差异：不同物种之间存在较大的基因组差异，包括基因序列、基因组结构、染色体数目和结构等。因此，即使两个植物有相同的基因，它们在基因序列上的差异也会导致克隆同源基因的成功率较低。

2. 免疫系统差异：不同植物物种的免疫系统也存在差异，这可能导致异种基因在受体植物体内受到排斥或被认为是外源基因而被消除。免疫系统差异增加了克隆同源基因的成功率低的可能性。

3. 表达调控差异：不同植物物种的基因在表达调控方面存在差异。即使成功克隆了同源基因，由于调控元件和信号传导路线的差异，克隆基因在受体植物中的正常表达和功能可能会受到影响。

4. 遗传背景差异：不同植物物种的遗传背景差异可能对基因克隆的成功率产生影响。即使基因克隆成功，异种基因也可能与受体植物的其他基因进行不良的相互作用，导致克隆基因的表达和功能受到干扰。

综上所述，物种差异、免疫系统差异、表达调控差异和遗传背景差异等因素都可能导致异种植物之间克隆同源基因的成功率很低。因此，在进行植物基因工程研究时需要仔细考虑和克服这些因素的限制。