流程如下：
1、提交申请。申请人可先在网上提前预约申请，或直接到现场提出申请，并按照规定填写中国公民出入境证件申请表，准备好需要提交的相关证明材料；
2、数码照相。申请人需要提交本人数码照片两张，可直接在现场进行拍照；
3、采集指纹。申请人在工作人员的指引下进行指纹采集或者核验指纹，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定，采集后拿号等待办理；
4、受理申请。工作人员对申请人提交的材料进行初审，并出具缴费单给申请人；
5、缴纳费用。申请人到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，制证费用100元，签注费用以签注类型而定，并领取回执单；
6、制作证件。受理申请后，由省公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证，并将制作好的证件送回接受申请的出入境管理机构；
7、发放证件。申请人在制证完成后，到办理的出入境管理机构领取证件；若选择快递形式收件的话，只需等候快递人员上门进行签收即可。
办理清关核实信息后，具体等待多长时间寄到并没有一个固定的标准，因为这会受到多种因素的影响，如地区、包裹种类、包裹价值、海关繁忙程度等。
一般情况下，可能需要2-7个工作日不等，但在某些情况下，由于包裹含有禁运或限制物品、目的地国家或地区的海关繁忙等原因，可能会导致海关清关时间延长，甚至可能达到7个工作日以上。此外，海关清关时间是包裹到达目的地国家或地区后的时间才开始计算的，因此在寄送国际包裹时需要预留足够的耐心，以防出现意外情况导致的包裹延误或丢失
首次办理须本人至当地的出入境管理处提交申请，申请材料有：居民身份证及复印件（用A4纸复印，可复印在同一张纸上）以及填写《中国公民出入境证件申请表》，2寸淡底色彩照2张（也可现场拍照，费用自付），同时分别申请赴香港、澳门的签注。
只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。
【办理时限】自受理之日起10个工作日（首次或非首次申请）。但均不含邮递日（一般在五天左右）以及节假日。
内地居民因私往来香港或澳门特别行政区旅游、探亲、从事商务、培训、就业等非公务活动，向户口所在地的市、县公安出入境管理部门提出申请。凭公安出入境管理部门签发的往来港澳通行证及有效签注前往。内地居民前往香港或澳门特别行政区定居，向户口所在地的市、县公安出入境管理部门提出申请。凭公安出入境管理部门签发的前往港澳通行证前往。前往香港特别行政区定居的，持证人须于罗湖口岸、深圳湾口岸、蛇口码头口岸（乘船）、福田口岸出境；前往澳门特别行政区定居的，持证人须于珠海拱北口岸出境。