根据中国公安部《出入境管理条例》第26条规定，在遣返、驱逐、遣送等处理措施执行期间，被处理人的护照应予扣留。

因此，如果一个人在逾期居留的情况下被遣返，那么他的护照会被扣留，但不会被注销。只有在涉及严重违法犯罪等特殊情况下，才可能会对护照进行注销处理。因此，如果在遣返过程中，对护照的具体处理方式可以咨询当地出入境管理部门。