地方海关归海关总署管理。海关总署是国务院下属的正部级直属机构，统一管理全国海关。海关实行三级自上而下垂直管理体制，第一级是海关总署，第二级是广东分署、天津、上海2个特派员办事处、41个直属海关和2所海关学校，第三层是直属海关下辖的562个隶属海关。地方海关不受行政区划的限制，不归市委政府管理。