港澳通行证自由行和团队游的主要区别在于：

签注类型不同。自由行通常使用G签，团队游则使用L签。

出关和过关途径不同。自由行可以直接从内地飞往香港或澳门，而团队游通常需要在深圳或珠海出关。

过关方式不同。自由行可以在内地直接过关，不需要旅行社的团队名单或导游陪同，而团队游则需要旅行社的团队名单和导游陪同过关。

申请流程和材料不同。自由行的申请流程相对简单，通常需要填写申请表、身份证复印件、户口本复印件等，而团队游的申请流程较为复杂，需要提供更多材料，如团队旅游预约受理表、旅行社出具的发票、领队证等。

总的来说，自由行提供了更多的灵活性和个人控制，而团队游则提供了更便捷的旅游组织和服务。