想要清理鱼缸中的鱼屎，最好的办法就是在缸内安装一个水泵，让它把鱼的粪便抽走。首先要选对水泵的型号，
太大容易溢流，太小则水流受限。其次要将吸水口缩短一点，这样可以增大吸力。需要注意的是，如果鱼屎会流到鱼缸的角落，就要将水泵旁边的氧气口打开，另外还要封上造流的喷氧口，这样一来，小口喷出的水流就可以将鱼便冲到吸水口了。
加强鱼缸的硝化系统，鱼的粪便能快速分解，就不会造成鱼缸氨氮超标。
鱼粪会在鱼缸中产生氨气，这种气体对鱼有毒害性，只有将鱼缸的硝化系统建立好，硝化系统足够强大，鱼粪产生的氨氮物质就能很快被转化为无毒的硝酸盐，不会对鱼儿造成危害，也就无需担心鱼粪的清理了。
第一，清道夫喜欢以鱼缸里面的残食、污物为食，因此可以买一些清道夫，放在水中可以起到净化水质的作用。
第二，可以利用虹吸原理进行清理鱼缸底部的粪便，找一根粗细合适、两头均可以出水的软管，装满水以后按压住出水口，将一端伸入水底，将两端出水口松开，即可让鱼缸底部的粪便吸出。