1.细菌性软腐病，多从伤口、叶痕侵入，引起枝条表皮腐烂，色灰白，呈浓状，易被弄破露出木质部，而木质部颜色不变，依然为白色。病斑多，发展扩大，或绕茎干一周，发出轻微的腥臭味。也能使果实染病，呈软腐状。

2.疫病，起病急，发展快，属卵菌。多发于主干和主茎的“节”部位，即叶痕处。病斑深褐色或黑褐色，皮层不软腐，木质部变深褐色，病斑开始不凹陷，能生稀疏白霉毛，但环境干燥时较少见。一株或一根枝条上会有多处发生，也能侵入叶片和果实，使之呈水浸状，色不会变褐色，而是呈深绿色腐烂。

3.菌核病，属真菌病，多发生于枝条分杈处，开始为灰白色软腐，病斑不凹陷，后生出白色浓密的白霉，继而聚集产生鼠粪状菌核，病斑下木质部朽烂、干枯，但不变色，髓部会生菌核，上部枝叶会枯死。菌核病也能侵染果实和叶片，使之腐烂，生浓密白霉。

4.灰霉病，也属真菌，多由残花生霉后落在茎干上而引发，也有些是由于老灰霉病斑处滴水而传染到茎部。另外，有的品种属高感，在棚室辣椒经历一冬天的灰霉为害后，棚内灰霉孢子极多，会从植株茎上叶痕、果柄等处侵入引起茎杆腐烂。病斑浅褐色，不凹陷，着生灰色浓密霉毛，绕茎一周后，上部干枯。

5.条斑病，毒病表现是在茎上出现纵向的浅黄褐色条状斑，凹陷，不生霉毛，不腐烂。以生长点下发生最早，也可在粗大的茎干部出现，病株叶柄和果实上也会出现浅褐色条纹斑，果实外观质量差，不能出售，损失严重。