精研变频器A040的频率指令参数设置主要包括以下步骤：

首先，需要确保变频器已经停止运行，然后按下参数设置键，进入参数设置模式。

在参数设置模式下，通过上下键选择需要设置的参数代码，例如，如果要设置频率指令参数，就需要找到对应的参数代码。

找到对应的参数代码后，按确认键进入参数设置状态，此时可以通过数字键输入需要设置的参数值。

输入完参数值后，按确认键保存设置，然后按返回键退出参数设置状态。

最后，重新启动变频器，新的参数设置就会生效。

以上就是精研变频器A040的频率指令参数设置的基本步骤，具体的参数代码和参数值可能会因为不同的型号和版本而有所不同，所以在设置时最好参考变频器的使用手册。