有以下几种方法查询。

1、自助终端机查询

为方便持证人掌握签注的使用情况，内地公安机关出入境管理部门在出境大厅安装了自助查询终端机。持用电子往来港澳通行证的旅客只需将证件置于终端平台上，即可方便快捷地详细掌握自己的签注使用情况和签注剩余次数，并可为持证人打印提示条。

2、口岸自助咨询台

港澳地区主管部门将在其总部及部分口岸(主要是海港码头口岸)设置自助咨询台，为持证人本人提供查询签注信息服务。相关资料通过计算机屏幕供持证人阅读，不提供打印的提示条。

3、出入境管理部门查询

可通过在各省市的出入境管理部门，携带通行证向大厅工作人员查询。

4、微信电子查询

可以通过关注该省市出入境微信公众号查询的。例如广东居民可在微信卡包-电子港澳通行证中即可查看港澳签注剩余次数，避免用户忘记签注已经用完的情况发生。