丰田霸道3000和4000在多个方面存在显著的区别：

配置：霸道4000的配置更为丰富，包括真皮座椅、九气囊、KDSS（动态稳定控制系统）和后差速锁等高级功能，而霸道3000则没有这些配置。

动力总成：霸道3000搭载的是3.0T柴油引擎和5AT变速箱，而霸道4000则使用4.0升V6汽油引擎和6AT变速箱。霸道3000的柴油发动机在起步时的动力响应更为迅速，具有更好的低扭表现。

噪音：霸道4000在噪音控制方面表现更为出色，无论是在原地怠速还是正常行驶时，其噪音水平都相对较低。

越野能力：霸道3000的柴油引擎在扭矩方面更具优势，但在极限越野能力上，霸道4000的两个顶配型号——LTD版和双差版，分别配备了KDSS动态悬架系统和后桥差速锁，使其越野性能更强。

价格：霸道4000的顶配型号比霸道3000最贵的型号还要贵出15万元，反映了两者在配置和性能方面的差异。

综上所述，丰田霸道3000和4000在配置、动力总成、噪音控制、越野能力和价格等方面都存在明显的差异。霸道4000在多个方面表现出更高的性能和更丰富的配置，但价格也相应更高。选择哪款车型取决于个人的需求和预算。