淘宝违约金会直接从店铺保证金里扣除的。扣除以后，保证金就不够了，商家必须要补缴保证金，如果没有及时将保证金补全的话，店铺商家就无法正常在淘宝出售商品了。 在淘宝开店商家要严格遵守平台的规定，对于消费者给出的承诺也要不打折扣的完成，不然就容易出现违规的行为。
如果商家出现了违约的情况，就会被平台处罚缴纳违约金，有些商家不愿意缴纳违约金，那这笔钱会从支付宝里面扣
联系商家客服：首先，用户可以通过淘宝App或网页版等渠道联系商家客服，并说明自己的情况和申诉理由。客服人员可能会要求用户提供相关证明材料，以便进行评估和处理。
提供证明材料：为了增加申诉的可信度，用户可以提供相关的证明材料，如疾病证明、紧急情况的证明文件等。
这些证明材料可以帮助商家更好地了解用户的困难和特殊情况，并决定是否减免违约金。
寻求第三方介入：如果与商家的申诉未能达成一致，用户可以考虑寻求第三方介入，如淘宝客服、消费者协会等。这些机构可以提供相关的法律咨询和仲裁服务，帮助用户解决纠纷，并为用户维权。
如果您认为淘宝平台在扣分过程中违背了承诺或者处理不当，可以通过以下步骤进行申诉：
1. **登录淘宝账户**：首先，您需要登录到您的淘宝账户。
2. **查看扣分记录**：进入“我的淘宝”-“信用中心”-“违规记录”，查看具体的扣分详情。
3. **发起申诉**：在违规记录页面，找到对应的扣分记录，点击“申诉”按钮。
4. **填写申诉信息**：在申诉页面，您需要详细说明申诉的理由和依据，包括相关证据材料，如聊天记录、交易截图、物流信息等。
5. **提交申诉**：核对申诉信息无误后，提交申诉。
6. **等待审核**：提交申诉后，淘宝平台会进行审核。这个过程可能需要几个工作日。
7. **申诉结果**：审核完成后，淘宝会通过站内信通知您申诉结果。如果申诉成功，相应的扣分会被撤销；如果申诉失败，您可以根据提示考虑是否继续申诉或接受扣分。
请注意，申诉时务必提供确凿的证据和合理的解释，这将有助于您的申诉成功。同时，保持沟通的礼貌和专业也非常重要。如果申诉过程中遇到困难，可以寻求淘宝客服的帮助。