如果退税时发现需要补交税款，处理方法如下：
1. 在规定时间内缴清需要补交的税款；
2. 如果已经超过了规定时间，可向相关税务机关提出申请，尽可能的避免其它惩罚；
3. 如果发现需要补交税款前还未提交申请，相关税务机关将对其进行罚款和停业整顿等处罚。
退税时需要认真核对所填报的内容和数据，并在退税前咨询专业人士。遵守法律规定和诚实守信原则是进行退税的最基本要求，以维护自身合法权益和企业形象。
如果您需要退税，但是由于税务局的审核结果需要您额外补交税款，那么您可以在规定的期限内将欠税缴齐。
如果您无法在规定的期限内缴纳欠税，可以向税务局申请延期付款或者分期付款。对于逾期未缴税款的，将会产生罚款和滞纳金等费用。因此，建议在第一时间了解应缴纳的税款金额，并尽早安排缴纳，以避免日后产生额外的费用及不良记录。
如果退税时需要补交税款，一般来说可以直接在退税申请表里填写缴税金额，如果不知道具体数额，可以向相关税务部门进行咨询。
如果申请退税时已经缴税而且超额缴纳，就可以直接在申请退税时申请退回超额部分的缴纳税款。但是如果还欠税款，需要在一定时间内补齐，否则将会被加收滞纳金等罚款。