目前西湖大学主要招收博士生，而且是和浙江大学、复旦大学等高校联合培养，在西湖大学取得博士授权点前由浙江大学、复旦大学等颁发毕业证和学位证，学费按照浙江大学、复旦大学等标准执行。
根据国家有关部委相关规定和浙江省物价部门的核准，西湖大学向所有纳入全国研究生招生计划的研究生收取学费,其中教育博士学费标准为 10 万元/生·全程，非全日制定向专业学位工程博士学费标准为 15 万元/生·全程，其他专业学费标准为1万元/生·学年。
西湖大学的研究生学费为68000元。西湖大学（Westlake University），位于浙江省杭州市，是一所社会力量举办、国家重点支持的新型高等学校，前身为浙江西湖高等研究院，学校设有2个校区（截至2021年3月，云栖校区占地66亩，建筑面积10.6万平方米；截至2021年10月，云谷校区总规划面积1484亩，总建筑面积45.7万方；在校博士研究生数量已超过600人，拥有来自世界各地的百余位优秀学术人才。