目前，日本医疗保险体系主要由雇员健康保险、国民健康保险、特殊行业健康保险组成。

　　雇员健康保险制度覆盖企业和商会的雇员及其家属，分为组合掌管健康保险和政府掌管健康保险两种类型。组合掌管健康保险覆盖大公司、大企业雇员，雇主和雇员平均负担保险费用，政府掌管健康保险覆盖中小企业雇员，雇主和雇员共同缴费，政府给予补助。国民健康保险制度覆盖农民、大学生、自由职业者、家庭主妇等群体，分为市町村国民健康保险和行业行会健康保险两大类，以前者为主，保险费以个人缴纳为主，费(税)率由各市町村自行决定，政府给予补助。特殊行业健康保险主要覆盖国家公务员、地方公务员、船员、私立学校教师等，公务员医疗保险费用由国家、地方和本人共同负担，费率根据自身财务状况自行决定并动态调整;船员医疗保险费主要由船主和被保险者缴纳，国库给予少量的定额补助;私立学校教师医疗保险费用由劳资双方共同负担，覆盖私立学校的教职工及家属。为缓解人口老龄化的挑战，日本还建立了“老年保健制度”，主要覆盖70岁以上的老人以及65岁以上残疾或卧床老年人，费用除政府负担一部分以外，剩余部分由各项医疗保险制度分担。