在办理房产证时需要补交面积差的情况一般是由于房屋测绘和实际建筑面积之间存在差异导致的。具体的操作步骤可能会因地区和具体情况而有所不同，一般是按照以下程序进行：

1.进行房屋测量。先进行房屋的测量，将房屋的建筑面积量化，并与原始的面积进行对比。

2.委托测绘机构。如果存在面积差异，需要委托公正的测绘机构进行复测，确定实际的建筑面积。

3.补交相关手续。在确定实际的建筑面积后，需要补交相关的手续，包括补交土地出让金、耕地占用税等费用。同时，还需要到相关机构提交申请，并提供相关的证明材料，如房屋建设工程规划许可证、施工许可证等。

4.领取房产证。完成以上流程后，就可以领取房产证了。

需要注意的是，不同地区和具体情况下，办理房产证需要补交面积差的具体操作步骤可能会有所不同。在办理过程中，建议咨询当地房地产主管部门或相关的律师等专业人士，以保障自身权益。