1、放于阳光下暴晒：蛋白棉最好多买几盒，轮流替换使用，用过的蛋白棉经清洗后，若暂时不用，可放在阳光下暴晒，直至完全干透，防止发霉，准备下一次使用。在暴晒过程中，要定期翻动，让其彻底晒干。
2、用无水酒精浸泡：浸泡蛋白棉也可以用无水酒精浸泡，大概浸泡四个小时，黄水便可出来了；浸泡后，照样用清水洗净、晾干、晒干，待用。
3、检查网兜有无破损：在浸泡清洗过程中，网兜可能会破损，所以需要注意检查，在再次放进鱼缸里时，要确保没有破损，否则鱼儿吃进蛋白棉，会引起消化不良，甚至死亡。
蛋白棉和羊绒棉在过滤作用上有所不同。蛋白棉主要用于净化鱼缸中的黄水，它能有效去除由沉木或用药引起的黄水，只需将其放置在水流循环的地方即可，且蛋白棉可以反复使用。
而羊绒棉则以其高密度纤维和良好的透水性能著称，它不仅能拦截悬浮固体颗粒、杂质和残饵等污染物，更能快速培养硝化细菌，有助于改善鱼缸水质，打造一个更健康的养鱼环境。因此，在选择时，可以根据不同的需求来挑选适合的过滤棉。
蛋白棉小袋的清洗过程其实并不复杂。首先，你需要用清水过滤，去除蛋白棉中的黄水和大杂质。
然后，将蛋白棉放入高浓度盐水中浸泡，这有助于蛋白棉恢复其原本的白色。浸泡过后，再用清水继续清洗、揉搓，直至完全变白、变干净。
最后，将清洗好的蛋白棉放在阳光下暴晒，直至完全干透，防止发霉。这样，你的蛋白棉小袋就清洗完成了。需要注意的是，清洗时要轻柔，避免损坏蛋白棉的质地。