目前，南京至南通之间有公交车运行，主要包括南京至沿海南通的直达巴士和南京至南通的普通班车。沿海南通的直达巴士每天有多个班次，票价比较贵，适合急需前往南通的旅客使用。普通班车的车票价格相对便宜，班次也比较频繁，适合长期在南京和南通之间往返的乘客使用。目前，南京至南通之间还没有直达高铁或动车，但在南京南站和南通站之间有高铁和动车站台，乘坐高铁或动车需要在南京南站或南通站转车。