5号线，16号线，479路公交车。根据查询百度地图得知：从杭州火车南站到径山镇坐5号线，在绿汀路站转16号线地铁，禹航站转479路公交车到径山车站，全程66.3公里，需要3小时。
由于杭州南站是一个新建站，目前只有部分高铁线路经过，而且这些线路中的车次也比较少，因此杭州南站的高铁运行情况较少。
杭州南站到余杭径山镇最佳路线是
乘地铁5号线到城站转地铁1号线到武林广场
转3号线到绿汀路转16号线到禹航路A口出站！
乘479路公交到径山车站下车。
当然还有其他选择。