首次办理须本人至户籍所在地的出入境管理处提交申请，申请材料有：居民身份证及复印件（用A4纸复印，可复印在同一张纸上）以及填写《中国公民出入境证件申请表》，2寸淡底色彩照2张（也可现场拍照，费用自付），同时分别申请赴香港、澳门的签注。

只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。

往来港澳通行证未满十六周岁的有效期为5年，成年人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，签注分为探亲签注(T)、商务签注(S)、团队旅游签注(L)、个人旅游签注(G)、其他签注(Q)和逗留签注(D)。持证人须在往来港澳通行证和签注有效期内，按照规定的次数和停留时限往来香港或者澳门。