《仙剑奇侠传三》一共有四个剧情，分别是主线剧情、玉虚宫剧情、东海岸剧情和烟雨楼剧情。

主线剧情是游戏中最主要的剧情，讲述了女主角白晶晶寻找真相的故事；玉虚宫剧情是一条支线剧情，主要讲述了关于古剑的秘密；东海岸剧情也是支线剧情，讲述了与多个江湖侠士的交往；烟雨楼剧情是第四条支线剧情，讲述了一个悲惨的爱情故事。四条剧情共同构建了这个丰富多彩的仙侠世界。