浙江大学化学系前身可追溯到创办于1897年的求是书院和育英书院。

求是书院1912年发展为浙江高等学校，并于1915年创建化学系，1928年发展为浙江大学化学系；

育英书院1897年创建化学科，1914年育英书院发展为之江大学，化学科于1920年发展为化学系；

1952年全国高等学校院系调整，浙江大学化学系与之江大学化学系合并组建浙江师范学院化学系，1958年发展成为杭州大学化学系；

1958年浙江大学恢复化学系。

1998年四校合并后，由浙江大学化学系与杭州大学化学系、浙江医科大学和浙江农业大学基础部化学教研室合并组建成新的浙江大学化学系。